Возможно не средневековая, но точно не нынешнее время -
Меч чужака
Страж священного духа
Одержимые смертью
Бродяга Кеншин

Манускрипт ниндзя (хотя там история несколько, хм изнасилована переосмыслена, скажем так)
Basilisk: The Kouga Ninja Scrolls (правда, на анидабе его нету)
А ещё можно забить в поиске по жанру "самурайский боевик" - и вуаля

Эпоха смут

Самурай чамплу

Бродяга Кэнсин
Сказание о демонах сакуры
Великие помыслы Оды Нобуны